Die größte Herausforderung seltener Krankheiten ist die geringe Anzahl an Patienten und das breite Spektrum der zugrundeliegenden molekularen Pathomechanismen. Diese Ausgangslage resultiert zwangsläufig in einem Mangel an Expertise. Eine der Hauptaufgaben des CeRUD besteht deshalb darin diese zu verbessern.
Dies wird erreicht durch die Bündelung lokaler Kompetenzen innerhalb von thematischen Forschungsprogrammen, mit dem Ziel eines schnellen Wissens- und Technologieaustauschs. Zudem werden einzelne Forschungsgruppen häufig in mehr als einem Forschungsprogramm vertreten sein, was die Wissensverbreitung und der Informationsfluss zusätzlich erhöht. Die Interaktion zwischen Gruppen wird noch weiter erhöht durch das CeRUD-Ausbildungsprogramm, das PhD-Studenten der verschiedenen PhD-Programme miteinander verbinden soll. CeRUD dient zudem als Plattform für international Kollaborationen, um seltene Krankheiten möglichst effektiv als ein Ganzes zu bewältigen.